En la zona de desarrollo de Jama Coaque, el yacimiento arqueológico de mayor importancia corresponde al sitio de San Isidro, en la cuenca del río Jama. Se trata de un sitio arqueológico que no tiene igual con ningún otro, ni en tamaño, ni en complejidad, y que destaca sobre todo por el gran montículo ceremonial central, marcando tanto espacios rituales como habitacionales. Investigaciones arqueológicas observan esta disposición como la confirmación de una sociedad compleja Jama Coaque, dado que se han localizado otros montículos similares en áreas cercanas a San Isidro, tales como los sitios Santa Rosa, Zapallo y Don Juan. Este último ubicado en la confluencia del río Jama con el estero Sálima, presentando pirámide con rampa.
Se han investigado también yacimientos arqueológicos pertenecientes a esta cultura, con otras funciones distintas a las ceremoniales o administrativas, como el estero de Tabuga, en el que se localizaron hornos cerámicos y metalúrgicos, por ejemplo. Las excavaciones arqueológicas en el río Camarones, descubrieron varios montículos habitacionales alineados en sentido este-oeste, y separadas entre sí aproximadamente 50 metros cada una, en filas separadas unos 25 metros, formando una especie de calles, lo que refleja la planificación y distribución urbanística de espacios de vivienda.
Los estudios de su organización social cuenta con pocas evidencias encontradas, las cuales se han basado en la riqueza de su representación de personajes. Mediante análisis contextuales, iconográficos, arqueológicos, entre otros, se ha alcanzado a caracterizar a la sociedad Jama Coaque como jefaturas cívico-religiosas, cuyos líderes manejaban tanto el poder civil (acumulación capital, fuerza de trabajo) y las fuerzas del cosmos (fertilidad, salud, estaciones) Jama Coaque. De esta manera, los líderes conjugaban un poder político sobre el resto de los individuos de manera legítima.
Por ejemplo, los danzantes son atribuidos como masculinos, por su abundancia de ejemplares. Estos personajes guardan una exclusividad de manejo de los instrumentos musicales y los disfraces de aves, por separado. Estos dos grupos de hombres sugieren que se realizaba mediante el ritual de la música junto con la danza, una persuasión ideológica de los individuos, llegando a tener cohesión social.
El hecho de que exista una diferencia marcada en representar a humanos y animales se ha interpretado como una manera de generar hitos para la aprehensión del mundo; en pocas palabras, un lenguaje. Los dos ámbitos de la vida, naturaleza y cultura, permiten la diferenciación social. La representación simple de los animales, como las aves, permite entender al mundo tal cual es. Mientras que la indumentaria complicada de los seres humanos, incluso calificada como «barroca», y que muchas veces agrega representaciones de animales, es una apropiación del ser humano de la naturaleza, expresada a través de rituales tales como aquellos ligados a ciclos agrícolas, fertilidad y curación.6